Pour rsync, je te renvoie vers la doc car il y a quelques subtilités notamment sur l'utilisation des slash ' / '.
https://doc.ubuntu-fr.org/rsync
Mais il n'est pas possible de faire directement de rsync vers le serveur.
Il est possible de faire les sauvegardes rsync "locales" vers un dossier de sauvegarde. Ce dossier peut être sur le NAS, ce n'est pas un problème s'il est monté sur la machine disposant du client nextcloud (nfs, sshfs, samba, peut importe) et monter ce dossier avec mount --bind dans le dossier racine qui sera donc synchronisé. C'est plutôt triviale comme solution mais c'est faisable.
Il serait peut-être plus simple d'installer directement le client nextcloud directement sur le nas si l'os le permet.
Oui, il est normalement possible de sélectionner les sous-dossiers à synchroniser directement dans le client de synchronisation. Il faut parfois le quitter et le relancer pour le forcer à rafraîchir les sous-dossiers présents dans le dossier racine (j'ai déjà eu le problème).
Pour l'histoire des dossiers maîtres, je ne suis pas sûr de tout comprendre...
Le client ne fait que de la synchro, les nouveaux fichiers et dossiers présents dans le dossier racine sont directement copiés vers le serveur (si les fichiers sont sélectionnés pour être synchronisés dans le client) et si le client se connecte et que pour une raison ou une autre les fichiers sélectionnés sont absents, ils seront téléchargés depuis le serveur vers la machine locale.
Cordialement